AUTENTIKASI SPESIES IKAN KERAPU BERDASARKAN MARKA GEN MT-COI DARI PERAIRAN PEUKAN BADA, ACEH - Kamal, Mohammad Mukhlis; Hakim, Agus Alim; Butet, Nurlisa Alias; Fitrianingsih, Yulia; Astuti, Rika (Jurnal Biologi Tropis, 2019)
Abstrak : Variasi bentuk dan pola pewarnaan tubuh ikan kerapu (Famili Serranidae) sangat variatif, sehingga pengenalan spesies secara morfologis sering tidak akurat. Penelitian ini bertujuan untuk mengautentikasi ikan kerapu dengan menggunakan marka gen COI. Contoh ikan kerapu yang diamati berjumlah 29 ekor yang dikumpulkan dari tiga tempat pendaratan ikan di Perairan Peukan Bada, Propinsi Aceh. Secara karakter morfologis, ikan kerapu tersebut teridentifikasi lebih dari 8 spesies. Untuk analisis DNA, sebanyak 30 mg daging sirip dari setiap ikan contoh diambil untuk dilakukan isolasi dan ekstraksi DNA, kemudian visualisasi elektroforesis dan fragmentasi DNA gen COI dengan metode PCR-sekuensing. Setelah diekstraksi, diperoleh 20 sampel DNA yang tervisualisasi dengan baik, yang dari jumlah tersebut terdapat 16 sampel dapat diamplifikasi. Hasilnya menunjukkan terdapat 6 spesies yang terautentikasi. Kelompok pertama adalah Variola albimarginata, Cephalopholis urodeta, dan C. sexmaculata dengan tingkat kemiripan Ã¢â°Â¥ 97%. Berikutnya C. boenak, Epinephelus merra, dan Scolopsis vosmeri tingkat kemiripannya Ã¢â°Â¤ 97%. Bila dibandingkan hasil autentikasi DNA, hasil penelitian menunjukkan bahwa 13 sampel atau > 80% tidak teridentifikasi dengan benar secara morfologis. Berdasarkan jarak genetik, pohon filogeni membentuk 2 clade antara Serranidae dan Nemipteridae. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan marka gen COI sangat efektif untuk autentikasi spesies yang dapat dijadikan sebagai instrumen dalam pemanfaatan dan pengelolaan ikan kerapu. Kata kunci : kerapu, variasi morfologi, gen MT-COI, autentikasi. Abstract : The groupers (family Serranidae) show high variability both in body shapes and coloration leads to highly morphological-based misidentification. The research was aimed in autenthication of the grouper species using MT-COI gene. A total of 29 grouper fishes were collected from three fish landing sites of Peukan Bada, Aceh Province. These fishes were morphologically identified from which more than 8 species were obtained. A 30 mg of the fin meat of each sample was taken for DNA extraction, isolation, electrophoresis visualization, and DNA fragmentation of COI gene using PCR-sequenching.ÃÂ  There were 20 DNA samples was clearly visualized of which 16 has been proceeded for amplification. The results showed that V. albimarginata, C. urodeta, and C. sexmaculata showed Ã¢â°Â¥ 97% similarity, whereas C. boenak, E. merra, dan S. vosmeri with Ã¢â°Â¤ 97% similarity. Based on phylogenetic tree analysis there was 2 clearly different clades separating family of Serranidae and Nemipteridae. The use of MT-COI gene was effective and accurate tool in species authentication which could be used as an instrument for utilization and management of the grouper species. Keywords : groupers, morphological variation, MT-COI gene, autenthication.